ساءت العلاقات بينهم و بين المسلمين عقب غزوة أحد , كان الرسول قد أوفد أربعين رجلاً من الأنصار ( القراء ) لنشر الإسلام فى هضبة نجد , فقتلوهم جميعاً ماعدا واحداً قتل رجلين من بنى عامر إنتقاماً لزملائة . فغضب النبى و ذهب إلى بنى النضير ليتفاوض معهم فى دفع الجزية و لأنهم حلفاء بنى عامر, و أثناء المفاوضات همٌ رجلان من بنى النضير بإلقاء حجر ضخم فوق رسول الله من أعلى , فأخبر الله رسوله بمغادرة المكان فوراً و تبعه أصحابه و بذلك نجا الرسول , ثم بعث الرسول إلى محمد بن مسلمة لإجلاء اليهود عن المدينة وبدءوا يجهزون أمتعتهم و لكن أحد المنافقين ( عبد الله بن أبى ) منعهم من الرحيل فقاتلهم الرسول عشرين ليلة و أحرق نخيلهم , حتى أثنى عزيمتهم عن القتال و أخيراً أجبرهم على الرحيل من المدينة .
بنو قريظة
عندما وقعت معركة الخندق , رأى رسول الله أن بنى قريظة نقضوا العهد , فعزم على طردهم و حاصرهم قرابة خمسة و عشرين يوماً ثم طلب الرسول إلى سعد بن معاز أن يحكم بينه و بينهم , فأمر بقتل رجالهم و عددهم سبعمائة و سبى نسائهم و أطفالهم و قسمت ممتلكاتهم على المسلمين.
